No ano 2138, quando jogos de realidade virtual estão em crescimento, Yggdrasil, um jogo online popular, um dia é discretamente tirado do ar. Entretanto, o protagonista Momonga decide não se desconectar e então é transformado em um poderoso bruxo esqueleto. O mundo continua a mudar, com personagens não jogáveis começando a sentir emoções. Já que não tem pais, amigos ou lugar na sociedade, esse jovem comum Momonga se esforça para controlar o novo mundo no qual o jogo se tornou.