"Hundred" é a única arma capaz de enfrentar a misteriosa forma de vida chamada "Savage" que está visitando a Terra. Kisaragi Hayato, deseja se tornar um Mestre de Artes Marciais usando essa Hundred. Ele conseguiu entrar na universidade de batalha Little Garden. Próximo a Emil Crossford, sua colega de classe, que estranhamente o conhece bem, Hayato fica desconfortável. Além disso, logo após a cerimônia de apresentação, ele é desafiado para um duelo pela Mestre de Artes Marciais mais forte do campus, a "Rainha" Claire Harvey. Começa aqui a maior academia de batalha!