O confronto entre Superman (Henry Cavill) e Zod (Michael Shannon) em Metrópolis fez com que a população mundial se dividisse acerca da existência de extra-terrestres na Terra. Enquanto muitos consideram o Superman como um novo deus, há aqueles que consideram extremamente perigoso que haja um ser tão poderoso sem qualquer tipo de controle. Bruce Wayne (Ben Affleck) é um dos que acreditam nesta segunda hipótese. Sob o manto de um Batman violento e obcecado, ele investiga o laboratório de Lex Luthor (Jesse Eisenberg), que descobriu uma pedra verde que consegue eliminar e enfraquecer os filhos de Krypton.